抗原は、細胞上の抗原レセプターに結合する物質の総称。抗体やリンパ球の働きによって生体内から消滅、除去される対象ともなる。通常、細菌やウイルスなどの外来病原体や人為的な注射などで体内に入るタンパク質などが抗原となるが、自己免疫疾患では自分の体を構成している成分が抗原となって免疫反応が起きている。